经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在(zài )日本收养(yǎng )了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回(huí )到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是外星人的一切真相。随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战(zhàn )来到了(le )美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥(yào )匙，成为纽约最大的资产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大厦，并且控制着整个城市的黑势力。　　同一时间里施莱德残忍的杀害了身在美国的守护者滨户良大师，所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战(zhàn )士，因为滨户良在此之前曾经几次请求讨伐过天狗施莱德的五龙忍者裁判所帮忙打败这名阿特姆施莱德，但是裁判(pàn )所表示他们只关心被封印起来的天狗，认(rèn )为这是施莱德个冒牌货，所以(yǐ )没有必要与其一般见识。这(zhè )一情况惹(rě )恼了阿特姆施莱德，之后因为朋友的背叛，滨户良随阿特姆流亡者们转移逃离了日本，但终究还是在美国被杀害了(le )。　　侥幸逃脱的滨户(hù )良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只(zhī )乌龟在纽约下(xià )水道沾染上了由阿特姆所制作的变异液体，变成了接近人形的(de )变异生物，也就诞生了新一代的忍者神龟，斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识，希(xī )望有朝一日能为自己的主(zhǔ )人复仇。2003年(nián )的某一天，已经(jīng )长大并初(chū )露锋芒的忍(rěn )者神龟(guī )们终于遇到了他们的宿敌，施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自(zì )己服务，但是惨(cǎn )遭失败，露出邪恶本性的阿特(tè )姆施莱德与(yǔ )神龟们开始(shǐ )了第一战，最后在斯(sī )普林特出手帮助下众人合力将其击退。过了一段日子，施莱德展开了复仇，并将(jiāng )李奥打成重伤，在朋友帮(bāng )助下逃过，休养生息后神龟们(men )返回纽约与施莱德展开第二次较量，最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋，但是我们知(zhī )道这(zhè )只是他的机器外壳，而神龟们的代价则是失去了他们的父亲斯普林特的踪迹……为了寻找失踪的父亲，神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历史，但是(shì )就在这时，施莱德再度(dù )出现了，一番大战后，施莱德露出了他的(de )真面目，眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球，千年的复仇计划毁于一旦，施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽，而最终神龟们(men )利用传送门逃生，施莱德则在一片爆(bào )炸声(shēng )中消失了踪迹……