经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日(rì )本收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即(jí )将可(kě )能回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是外星人的一切真相。随后(hòu )跟随地球上(shàng )其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战来到了美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城(chéng )市金钥(yào )匙，成为纽约最大的资产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大厦，并且(qiě )控制着整个城市的黑势力。　　同一时(shí )间里施莱德残忍的杀害了身在美国(guó )的守护者滨户(hù )良大师，所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士，因为滨户良(liáng )在此之前曾经几次请求讨伐过天狗施莱德的五(wǔ )龙忍(rěn )者裁判所帮忙打败这名阿特姆施莱德，但是裁判所表示他们只关(guān )心被封印起来的天狗，认为这是施莱德个冒牌货，所以没有必(bì )要与其(qí )一般见识。这一(yī )情况惹恼了阿特姆施莱德，之后因为朋友的背叛，滨户(hù )良随阿特姆流亡者们转移逃离(lí )了日(rì )本，但终究还是在美国被杀害了。　　侥幸逃脱的滨(bīn )户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只乌龟在(zài )纽约下水道沾染上了由阿特姆所制作(zuò )的变异液体，变成了接近人形的变异生物，也就诞生了(le )新一代的忍者神龟，斯(sī )普林特开始训练(liàn )这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识，希望有朝一日能为自己的主人复仇。2003年(nián )的某一天，已经(jīng )长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌，施莱德试图拉拢(lǒng )神龟之一的李奥纳多为自己服务，但是惨遭失败，露出邪恶本性的阿特姆施莱德与(yǔ )神龟们开始了第一(yī )战，最后在斯普林特出手帮助下众人合力将其击退。过了一段日子，施莱德展开了复仇，并将李奥打成重伤，在朋友(yǒu )帮助下逃过，休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次(cì )较量，最终施莱德(dé )被李奥用(yòng )腾古之剑砍下脑袋，但是我们知道这只是他的机器外壳，而神龟(guī )们的(de )代价则是失去了他们的父亲斯普林特的踪迹……为(wéi )了寻找失踪的父亲，神龟们结识(shí )了阿特姆流亡者(zhě )一族并且了解了他们的(de )历史，但是就在这时，施莱德再度出现了，一番大战后，施(shī )莱德露出了(le )他的真面目，眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球(qiú )，千年的复仇计划毁于一旦，施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽，而最终神龟们利用传送门逃生，施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……