经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱(lái )德在日本(běn )收养了义女唐(táng )井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的(de )直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是(shì )外星人的一切真相。随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿(ā )特姆施莱德转(zhuǎn )战来到(dào )了美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最大的资(zī )产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大(dà )厦，并且控制着整个(gè )城市的黑势力。　　同一时间里施莱德残忍的杀害了身在美国的守护(hù )者滨户良大师，所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者(zhě )的战士，因(yīn )为滨户良在此之前曾经几次请求讨伐过天狗施莱德的五龙忍(rěn )者裁判所帮忙打败这名阿特姆施莱德，但是裁判所表示他(tā )们只关心被封印起来的天狗，认为这(zhè )是施莱德个冒牌(pái )货，所以没有必要与其一般见识。这一情况惹恼了阿(ā )特姆施莱德，之后因为朋友的背叛(pàn )，滨户良(liáng )随阿特姆流亡者们转移逃离了日本，但(dàn )终究还是在美国被杀害了。　　侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普(pǔ )林特意外的与另外四只乌龟在纽约下水道沾染上了由阿(ā )特姆所制作的变异液体，变成了接近人形的变异生物，也就诞生了新一代的忍者神龟，斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功(gōng )夫和知识，希望有朝(cháo )一日能为自己的主人复仇。2003年的某一天(tiān )，已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌，施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务，但是惨遭失败(bài )，露出邪恶(è )本(běn )性的阿特姆施莱德与神龟们开始了第一战，最后在斯普林特出手帮助下众人合(hé )力将其击退。过了一(yī )段日子，施莱德展开了复仇，并将李奥打成重伤，在(zài )朋友帮助下逃过，休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量，最终施莱德被李奥用腾古之剑(jiàn )砍下脑袋，但是我们(men )知道这只是他的机器外壳，而神龟们的代价则是失(shī )去了他们的父亲斯普林特的踪迹……为了寻找失踪的父亲，神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解(jiě )了他们的历史，但是就在这时，施(shī )莱德再度出现了，一番大战后，施莱德露出了他的真面目，眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球(qiú )，千年的复仇计划毁于一旦，施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽，而最(zuì )终神龟们利用传送门逃生，施莱德则在一片爆炸声中消失了(le )踪迹……