经(jīng )过(guò )了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本(běn )收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的(de )一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回到太空，所以他将唐井(jǐng )立为自己的(de )继承人，并告诉了她自己是外星人的一切真相。随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战来到了美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最(zuì )大的资产家，家财万贯，同时(shí )拥有全市最高的大厦，并且控制着整个城市的黑势力。　　同一时间里施莱德残忍的杀害了身在美国的守护者滨(bīn )户良大师，所(suǒ )谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士，因为滨(bīn )户良在此之前曾(céng )经几次请(qǐng )求讨伐过天狗施莱德的五龙忍者裁判所帮忙打败这名阿特姆(mǔ )施莱德，但是裁判所表(biǎo )示他们只关(guān )心被封印起来的天狗，认为这是施莱德个冒牌货，所以没有必要与其一般见识。这一情况惹恼了阿特姆(mǔ )施(shī )莱德，之后因为朋友的背叛，滨户良随阿特(tè )姆流亡者们转移逃离了日本，但终究还是在美国被杀害了。　　侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外(wài )四只乌龟在纽约下水(shuǐ )道沾染上了由阿特姆所制作的变异液体，变成了接近人形的变异生物，也就诞生了新一代的(de )忍者神龟，斯普林特(tè )开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识，希望有朝一(yī )日能为自己的主人复仇。2003年的某一天，已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的(de )宿敌，施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务，但是惨遭(zāo )失败，露出邪恶本性的阿特姆施莱德与神龟们开始了第一战，最后在斯普林特出手帮助下众人合(hé )力将其击退。过了一段日子，施莱德展开了复仇，并将李奥(ào )打成(chéng )重伤，在朋友帮助下逃过，休(xiū )养生(shēng )息后神龟(guī )们返回纽约与施(shī )莱德展开第二次较量，最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋，但是我们知道这只是他的机器外壳，而神龟们的代价(jià )则是失去了他们的父亲斯普林特的(de )踪迹(jì )……为了寻找失踪的父亲，神龟们结识(shí )了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历(lì )史，但是就在这时，施莱德再度出(chū )现了，一番大战后，施莱德露出了他的真面目，眼见阿特姆一族(zú )利用传送门逃离地球，千年的复仇(chóu )计划毁(huǐ )于一旦，施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽，而最终神龟们利用传送门逃生，施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……