经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱(lái )德小禄崎的直系血缘传人)，并(bìng )传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可(kě )能回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是(shì )外星人的一切真相。随后(hòu )跟随地球(qiú )上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战来到了(le )美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最大的资产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大厦，并且(qiě )控制(zhì )着整个城市的黑势(shì )力。　　同一时(shí )间里施莱德残忍的杀害了身在美国的守护者滨户良大师，所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士，因为滨户良在此之前曾经几次请求讨伐过天狗施莱德的五龙忍者裁(cái )判所帮忙打败这名阿特姆施莱德，但是裁判所表示他们只关心被封印起来的天狗，认为这是施莱德个冒牌货，所以没有必要与其一般见识。这一情(qíng )况惹恼了(le )阿特姆施莱德，之后因为朋友的背(bèi )叛，滨户良随阿特姆流亡者们转移逃(táo )离了(le )日本，但(dàn )终究(jiū )还是在美(měi )国被杀害了。　　侥幸(xìng )逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四(sì )只乌龟在纽约(yuē )下水道沾染上了由阿特姆所制作的(de )变异液体，变成了接近人形的变异(yì )生(shēng )物，也就诞生了新(xīn )一代(dài )的忍者神龟，斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的(de )忍者功夫和知识，希望(wàng )有朝一日能为自己的主人复仇。2003年的(de )某一天，已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌(dí )，施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多(duō )为自己服务，但是惨遭失败，露出邪恶本性的阿特姆施莱德与神龟们开始了(le )第一战，最后在斯普林特出手帮助下众人合力将(jiāng )其击退。过了一段日(rì )子，施莱德展开了复仇，并将李(lǐ )奥打成重伤，在朋友帮助下逃过，休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量，最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋，但是我们知道这只是他的机器外壳，而神龟们的代价则是失去了他们的父亲斯普林特的踪迹(jì )……为了寻找(zhǎo )失踪的父亲，神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历史，但是就在这时，施莱德再度出现了，一番大战后(hòu )，施莱德露出(chū )了他的真面目，眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球，千年的复仇计划毁于一旦，施莱德气急(jí )败坏的要与神龟们同归于尽，而最终神龟们利用传送门逃生，施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……